В предвоенные годы считалось, что подводные лодки- основной род сил ВМФ в действиях на морских коммуникациях противника. Взгляды советского командования на применение сил флота в действиях по нарушению морских коммуникаций противника в предвоенный период нашли свое отражение во временном Боевом Уставе Морских Сил РККА 1937 г. (БУМС-37) и во временном Наставлении по ведению морских операций (НМО-40). В соответствии с НМО-40 целями действий по нарушению морских коммуникаций могли быть:подрыв общей экономической и военной мощи противника, нарушение или прекращение питания приморских группировок его войск, стеснение развертывания боеготовых сил его флота. Основной формой применения сил считалась операция. Основные усилия рекомендовалось направлять против особенно ценных для противника морских перевозок. При условии длительного воздействия на противника операция, считалось, может перерастать в форму блокады (или систематических повседневных действий), строить которую предполагалось по классической схеме из нескольких блокадных линий: самая удаленная от противника — из надводных кораблей, средняя — из подводных лодок, самая ближняя — из минных заграждений. Всю блокадную зону предполагалось перекрывать действиями авиации.
Конкретно для подводных лодок было разработано Временное наставление по боевой деятельности подводных лодок 1939 г., где предусматривались как самостоятельные действия пл на морских коммуникациях, так и совместные их действия с надводными кораблями и авиацией. При самостоятельных действиях рекомендовалось использовать подводные лодки тремя методами: 1) крейсерства одиночных и группы подводных лодок, 2) завес 3) позиционным. При этом предпочтение отдавалось маневренным методам: крейсерства и завес. Для обеспечения успешности действий против конвоев предлагалось массированное использование подводных лодок в сочетании с наведением подвижных завес на конвои противника по данным авиации и комбинированным применением оружия.
Использование подводных лодок в ходе войны получило развитие от позиционного метода, примененного в начале войны, к методу крейсерства, а затем приближавшее их к групповому использованию (позиционно-маневренному и нависающей завесы).
Позиционный метод заключался в том, что лодкам назначались небольшого размера районы — позиции, в пределах которых они решали свои задачи.
Форма и размеры позиции могли быть различными, однако в большинстве случаев это был квадрат или прямоугольник со сторонами 25 — 30 миль. При таких размерах предполагалось, что подводная лодка может обнаружить корабли противника (в пределах позиции) с достаточно высокой вероятностью. Осуществляя поиск целей, лодка не должна была выходить за пределы позиции. В целях маскировки обычно назначались две позиции. Одна являлась основной, где подводная лодка выполняла боевую задачу, другая предназначалась для зарядки аккумуляторной батареи. На основной позиции подводная лодка должна была находиться днем, ведя наблюдение в перископ. Зарядка аккумуляторов производилась на другой позиции ночью. Обе позиции или примыкали одна к другой, или находились на некотором расстоянии. Позиционный метод считался целесообразным для тех случаев, когда противник не мог миновать какой-либо район (узкости, проливы, проходы в минных и сетевых заграждениях, подходы к базам и т. п.). Кроме того, назначение позиций считалось необходимым, если по соседству с лодками должны были действовать другие силы флота (свои надводные корабли, подводные лодки). Положительной стороной позиционного метода была простота его организации. Командование могло постоянно знать местонахождение лодок, исключалась возможность их взаимных атак (как и других своих сил, находившихся поблизости от подводных лодок). Вместе с тем позиционный метод сковывал инициативу командиров подводных лодок в поиске кораблей противника, поскольку размеры позиций были невелики. Если противник обнаруживал лодку, она была связана в уклонении от преследования, так как выход за пределы позиции запрещался. Позиционно-маневренное использование подводных лодок (метод маневрирования позициями) было несколько сложнее позиционного метода, поскольку включало наведение подводных лодок на корабли противника. Сущность его состояла в том, что подводной лодке назначалась не одна, а несколько позиций, одну из которых она вначале занимала. В дальнейшем, когда силы разведки обнаруживали противника, лодка получала приказ перейти на новую позицию. Этот метод применялся в тех случаях, когда противник мог воспользоваться не одним, а несколькими маршрутами движения.
Для крейсерства характерным было то, что подводным лодкам назначались обширные по размерам районы. В этом случае командир лодки должен был вести активный поиск — обследовать значительно большие водные пространства, находиться каждый раз в той части района, где в данный момент была наиболее вероятна встреча с противником. В отличие от позиционного метода крейсерство предоставляло командиру подводной лодки более широкие возможности в проявлении инициативы при поиске противника. Размеры районов боевых действий при крейсерстве не имели каких-либо стандартов. Они назначались в зависимости от характера задач, выполнявшихся подводными силами, количества лодок, степени ожидаемого противодействия противника и ряда других факторов. Нередко границы районов крейсерства определялись исходя из чисто географических особенностей данного театра. В связи с этим различались крейсерство в ограниченных районах и крейсерство в обширных районах. Под ограниченными районами понимались морские заливы или части морей, обширными районами считались моря и океанские заливы. Подводные лодки могли действовать одиночно и группами. Одиночные подводные лодки предполагалось использовать против транспортов (кораблей), идущих вне конвоя, для разведки, несения дозорной службы, постановки мин, высадки разведывательно-диверсионных групп, артиллерийского обстрела береговых объектов на побережье противника, для навигационно-гидрографического обеспечения десантов. Групповые действия считались целесообразными при атаках сильно охраняемых конвоев и соединений боевых кораблей противника. В состав группы предполагалось включать две-три подводные лодки, которые должны были действовать под управлением командира группы, находившегося на одной из лодок группы. Чтобы избежать столкновений при маневрировании в подводном положении, каждой лодке назначался свой сектор атаки (ориентированный относительно курсовых углов цели), за пределы которого она не должна была выходить. Считалось, что групповая атака намного эффективнее атак одиночных лодок, поскольку противник вынужден распылять свои оборонительные возможности. Предполагалось, что при ведении боевых действий подводные лодки будут решать задачи самостоятельно или совместно с другими силами флота. При совместных действиях предусматривалось оперативное и тактическое взаимодействие. Оперативное взаимодействие должно было заключаться в согласовании задач, районов и сроков действий соединений (группировок) подводных лодок с задачами, районами и сроками действий других соединений (группировок) как подводных лодок, так и других сил флота. Тактическое взаимодействие между подводными лодками предполагалось осуществлять при решении ими боевых задач в составе однородных тактических групп. Считалось также возможным тактическое взаимодействие лодок с надводными кораблями, самолетами и батареями береговой обороны. Стремление к действиям подводных лодок в тактических группах было, несомненно, положительным явлением. Однако в предвоенные годы оно не могло быть реализовано из-за отсутствия таких гидроакустических средств, которые обеспечивали бы надежную связь подводных лодок между собой в подводном положении.
Важнейший вопрос — управление подводными лодками. До декабря 1942 г. управление подводными лодками, действовавшими на коммуникациях противника, осуществлялось командующим флотом. Через командира бригады он ставил подводным лодкам задачи, определял сроки выхода в море и возвращения в базу, назначал позиции или районы боевых действий и маршруты развертывания в них. С момента выхода подводной лодки из базы на всех этапах ее боевого применения она находилась в непосредственном подчинении командующего флотом. Им отдавались все приказания на подводную лодку в море. Перед боевым походом в море командир подводной лодки получал боевой приказ или наставление по боевой деятельности на поход, схему нарезки позиций или районов, плановую таблицу и схему маршрута перехода и возвращения, указания по связи с таблицей условных сигналов. Для управления подводными лодками при развертывании и возвращении была разработана система отправных и приемных точек, выходных и входных фарватеров, маршрутов перехода в районы боевого применения и порядок их использования. Все эти точки, фарватеры и маршруты имели условные наименования. С декабря 1942 года система управления подводными лодками была изменена. Управление подводными лодками полностью перешло к командиру бригады подводных лодок. С этого времени: Командующий флотом ставил боевую задачу бригаде подводных лодок, контролировал через свой штаб выполнение этих задач, давал общие указания по боевому применению подводных лодок и приказания на выделение сил обеспечения, организовывал взаимодействие плпл с другими силами флота. Командир бригады подводных лодок уже самостоятельно управлял подводными лодками при решении ими поставленных задач. Такая система управления подводными лодками сохранилась до конца войны и была оправдана для того времени (тактико-технические характеристики ПЛ, целенаведение, средства дальней и подводной связи и возможности обеспечения действий подводных лодок).